Neexistând documente scrise, din informaţiile transmise din generaţie în generaţie, se presupune că prima biserică din satul Fântânele a fost la Hlube. Ulterior, odată cu extinderea satului, s-a construit o biserică pe Ştiubei. Despre aceasta, exista date din conscripţia de la 1733, care spun că era construită din lemn şi păstorită de preotul Lupu.
Din această biserică s-au păstrat până în zilele noastre cinci cărţi bisericeşti: Cazania (Bălgrad,1699); Srasnic (Blaj1733), Apostol (Blaj1802); Liturghier (Blaj, 1807); Penticostar (Blaj,1808), toate scrise în litere chirilice. Mai exista de asemenea două icoane pe lemn din sec al XVIII-lea, înnoite în 1887, cu Sfântul Arhanghel Mihail şi Sfântul Nicolae, valori intrate în patrimonial cultural naţional, predate pe bază de inventar de preotul Somcutean Vasile în data de 03.05.1975, Muzeului de Istorie Zalău, şi care sunt păstrate în depozitul Protopiatului Zalău, la biserica Sfânta Vineri.
A treia biserică din sat a fost construită înaintea anului 1810 pe locul unde azi e şcoala, iar în biserică au slujit preoţii Andrei Grad (1835-1857), Ioan Cristea (1857-1867), Ananie Tioforu (1867-1877) şi cantorul Grad Zaharia (1877-1882). La jumătatea secolului al XIX-lea, biserica din sat devine filie a bisericii din Rus, fiind reinfintată ca parohie în 1941, când preot era Vasile Mocanu.
A patra biserică a fost construită tot din lemn , fiind acoperită cu şindrila , cu un singur turn , pe locul unde azi este crucea din lemn din faţa bisericii actuale , fiind sfinţită cu acelaşi hram în anul 1887. Acel lăcaş de rugăciune era de dimensiuni reduse, fapt ce a dus la demolarea lui şi construirea actualului lăcaş de cult. În această biserică au slujit preotul Biltiu Aurel timp de 44 ani (1888-1932), urmat de preotul Vasile Mocanu (1932-1935) în timpul căruia s-a demolat aceasta biserică , cantorii Grad Zaharie, Vasile Cerpineanu, Grad Ioan, Iepan Iosif de la vale, Mureşan Ianoş şi paraclisierii Grad Ostafie, Mureşan Iosif.
A cincea biserică, şi prima construită din zid cu fundaţie din beton şi acoperită cu tablă, este cea de azi, zidită în anii 1935-1936. Prefectura judeţului Someş din Dej a contribuit cu suma de 3000 lei la ridicarea ei, suma adunată de la toţi donatorii fiind de 486.000 lei. Acest edificiu a fost ridicat de maistrul de biserici Peterfi din Budus, judeţul Cluj, iar iconostasul şi partea lemnoasă în întregime au fost executate de maistrul Rupic din Bistriţa, în timp ce iconostasul a fost pictat de pictorul Iuhas din Gherla. Construcţia a fost terminată în numai 2 ani de zile, vârful edificiului fiind finanţat de evreul Laibu, comerciant la acea vreme în sat.
În ziua de 8 noiembrie 1936, la sărbătoarea Sfinţilor Arhangheli Mihail şi Gavril , biserica a fost sfinţită de Înalt Preasfinţia Sa Episcop Dr.Iuliu Hosu al Eparhiei Greco-catolice de Cluj – Gherla, în prezenţa unui număr mare de credincioşi din localitate şi din satele din împrejurimi.
În anul 1948, după Sinodul de la Cluj din 1 octombrie, biserica revine din nou la credinţa strămoşească româneasca, după aproximativ 173 ani de cult Greco-catolic, cu preotul şi toţi locuitorii satului.
În anul 1967, interiorul bisericii a fost pictat de Ciurian Ioan şi cantorul Pop Ioan din Fântânele, iar în 1968 biserica a fost sfinţită din nou în prezenţa Episcopului de Oradea, Vasile Coman.
În anul 1977 s-au făcut unele lucrări de întreţinere interioară, precum şi lucrări mai importante, în exteriorul bisericii .
În anii1980-1984 au fost cumpărate, cu contribuţia sătenilor, doua clopote mari.
În 1990 s-a făcut o nouă resfintire după terminarea tutror lucrărilor în prezenţa Preasfinţitului Dr. Ioan Mihaltan, Episcop al Oradiei, Bihorului şi Salajului., prin grija preotului Vasile Şoncutean.
De la sfinţirea acestei biserici până în prezent au păstorit în acest lăcaş următorii preoţii: Vasile Mocanu (1932-1948), Teodor Costin(1949-1952, 1957-1970), Gavril Susan (1952-1953), Gheorghe Feţi (1953-1954), Ioan Gavriş (1954-1957), Vasile Şoncutean (1970-1991), Bene Claudiu(1991-1994), Crişan Cristian (1994-1997), Vasile Căprar (1997-2013), Traian Micle (2013-prezent).